カワバタモロコの飼育に必要なものや飼育環境，エサ，水換えの方法，注意点などの飼育方法（飼い方）について解説します。
カワバタモロコは全長3～5cm程度であるが、水槽で飼育すると8cm程度にまで成長する個体もいます。そのため、水槽の大きさは最低35cmはあったほうがよいが、飼育個体数が少ない場合は30cm程度の水槽でも飼育できます。
カワバタモロコは酸欠にはやや強いが、エアーポンプはあった方がよい。カワバタモロコは大きさが小さいこともあってあまり水を汚さないため、ろ過装置はエアーポンプと一体になったエアーリフト式でも十分である。ただし、飼育個体数が多い場合はエアーリフト式では不十分な場合もあります。
長時間（数日以上）水温30℃を超える環境が続くと、暑さで死亡する場合があるため、水温30℃以下の環境で飼育することが好ましい。さらに、1日の水温の変動が小さい場所、すなわち1日の気温の変動ができるだけ小さい場所がよい。室内の1階で冷暖房を使用しない場所が適しています。1日の気温の変化が小さい場所で飼育している場合は、ヒーターはなくてもよい。また、昼間は明るく夜は暗い場所がよい。
カワバタモロコは春～夏～秋はよくエサを食べるが、小型の魚であることからエサのやりすぎには注意が必要である。1日1～2回、数分で食べきる量を与えます。食べ残しが出ると水が汚れる原因となります。逆にエサが足らないと魚がやせたり死亡したりする場合があります。なお、エサを与えてから数分以内に食べきらなくても、夏季を中心に時間が経過すると食べ残したエサを食べることがほとんどであるため、エサやり後、数時間以内に食べきれば特に問題ありません。晩秋～早春にかけては、エサの与え方によっては次の日にもエサが残っている場合があります。残ったエサから水カビが生えてカワバタモロコの病気の原因となる場合があるため、次の日に残っているエサは除去するようにします。
ヒーターを使用していない場合や、冷暖房を使わない場所でカワバタモロコを飼育している場合などのように常温で飼育している場合においては、気温が下がってくる10月中旬頃から急にエサを食べなくなるため、エサを与えすぎないように注意します。冬季は1日1回少量のエサを与えるようにします。それでも食べ残しが出る場合は、数日に1回少量を与えるようにします。水槽当たりの飼育個体数にもよりますが、数日に1回、少量のエサを与えるという方法で十分です。基本的に、水温が低くなる冬季や水温が15℃程度以下ではほとんどエサを食べないことが多いようである。そのため、冬季はやせる個体が出る場合がありますが、それが原因でカワバタモロコが死亡することは基本的にありません。気温が上がってくる3月頃から徐々にエサを食べる量が増えるようになり、4月中旬になるとかなり食べるようになります。なお、冬季は水カビ病になる個体が出る場合があるため注意が必要です。
カワバタモロコは大きさが小さく口も小さいため、エサは1mm程度の大きさの人工飼料を与えるとよい。エサは浮上性のものでも沈下性のものでもよい。なお、小さい個体の場合はメダカのエサのようにさらに細かいエサを与えるようにします。1mm程度の大きさのエサを食べることができるのは、個体差はありますが2歳くらいからとなります。また、2歳以上の個体は、春～夏にかけては藻類のアオミドロも比較的よく食べます。
カワバタモロコは水質悪化には比較的強く丈夫である。水槽の大きさに対して適切な飼育数であれば、水があまり汚れずいつも透明であるため、水換え後しばらくの期間が経過しても水がきれいに見えてしまいます。そのため、水換えの頻度が低くなりがちであるが、水換えをしなさすぎるとカワバタモロコが死亡するため注意が必要である。目安としては、水が透明であっても2～3週間に1回程度の水換えは必要である。
全体の2～8割の水を交換する部分的な水の交換のほかに、全ての水を交換する方法もあります。新しく入れる水は必ずカルキ（塩素）を抜いたものを使います。全ての水を交換する際には、カワバタモロコを一時的に別のケースに移動する必要がありますが、この時に使う水も必ずカルキ（塩素）を抜いたもの、または水換え前の水を使うようにします。 水換えの際には水槽も洗います。全ての水を交換しない場合は、水槽の側面の汚れを掃除します。全ての水を交換する場合は、水槽を丸ごと洗います。水槽を掃除する場合に洗剤などを使ってはいけません。
水換えを全体の2～8割の水を交換する部分的な水の交換を主体にしている場合、1～2ヶ月に1回程度は全ての水を交換したほうがよい。なお、冬季の水換えは全ての水を交換するのではなく、全体の5～7割程度にしておくとよい。全ての水を交換すると死亡する個体が出たり、水換えの影響で病気になる個体が出る場合があります。しかし、全体の5～7割程度の水換えにすることで、死亡する個体や病気になる個体がほぼ出ないようにすることができます。
水換えをする際は水換え前と水換え後で水温ができるだけ同じになるようにすることが好ましいが、水換え前の水温が30℃程度の場合、水換え直後の一時的（短時間）であれば水換え後の水温は34℃程度までならばカワバタモロコが死亡することは基本的にありません。
ろ過装置やフィルター（ろ材）が汚れてきた場合は掃除をします。ろ過装置やフィルターを水で洗って汚れを洗い流します。汚れているからといって洗剤などを使ってはいけません。フィルターを長い期間使用し、掃除を何回もするとフィルターが痛んできます。フィルターが毛羽立ってきたら交換の目安です。フィルターがこのような状態になれば新しいものと交換します。なお、ろ過装置やフィルターが汚れた状態やフィルターが痛んできた場合は、ろ過能力が低下する場合があります。そのためにもろ過装置やフィルターの掃除、フィルターの交換は必要となります。
繁殖期に婚姻色を楽しみたい場合は、昼間は明るく夜は暗い環境と冬季に低水温になる環境が必要である。昼間の明るさは単に明るいだけでよく、日光や蛍光灯の光を直接当てる必要はありません。また、昼間の長さもある程度関係あるようで、できるだけ時期ごとの昼間の長さと同じ時間だけ明るくなるようにします。水槽に砂利を敷かない場合は水槽の底面は黒色がよい。砂利を敷く場合、砂利は黒いものがよい。白や青などの色の場合、婚姻色が薄くなる場合があります。
水槽からの飛び出しに関しては、ある程度（目安としては7cm程度）水位を下げておけば基本的にはありませんが、飛び出し防止やゴミが水槽に入らないようにするためにフタはしておいた方がよい。カワバタモロコを飼育することだけが目的の場合は、砂利は敷かなくてもよいですが、砂利を敷くと水換えの頻度を低くすることができる場合があります。また、水草も飼育することだけが目的の場合は不要ですが、産卵させる場合には必要となります。